清洗装置是反渗透系统中十分重要的部分，通常大中型系统均设有专用的清洗系统，但是对于小型(产水量＜5 吨/小时）反渗透系统，由于受到成本的限制，一般不设单独的清洗装置，但必须考虑到对膜元件进行化学清洗时系统的扩展性及设备的可维护性。

一般的清洗装置由清洗水箱、清洗水泵、保安过滤器、管道、阀门和控制仪表(压力表、流量表、温度计)等组成。特殊要求时，清洗箱可装上加热或冷却装置。
保护冲洗、化学清洗装置

保护冲洗装置：

在反渗透初次运行的时候，用原水对系统进行低压冲洗，目的是将膜中保护液冲出来，使膜充分湿润，并且尽快适应原水的水质、水温等；在反渗透设备每次停止运行的时候，用除盐水将系统中的浓水置换出来，使设备停止运行时使整个设备处在一个相对清洁的环境中，可有效防止水中污染物质沉积在膜表面。

化学清洗装置：

反渗透装置在正常运行条件下，反渗透RO膜被无机物垢、胶体、微生物、金属氧化物等污染，这些物质沉积在膜表面，引起反渗透装置出力下降或脱盐率下降。为了恢复良好的透水和除盐性能，需对膜进行化学清洗

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